「休日の振替」と「代休」は異なる仕組みですが、労務管理に当たって混同して取り扱っているケースをよく見かけますので、これらの違いについて解説します。
例えば日曜日を休日として定めている場合では、この日曜日と他の日を前もって交換することを会社と従業員の間で決めて実施したのであれば「休日の振替」になりますが、緊急に日曜日に出勤してもらって、後日、別の日に休んでもらった場合は「代休」となります。
この「休日の振替」を実施するためには、「就業規則などで休日振替の制度が取り決めてあること」、「必ず前もって振替える日を特定しておくこと」が必要となります。また労働基準法では、1週間に1日または4週間に4日の休日を与えるべき事が規定されていますので、この「4週間に4日」の休日が確保される状況で制度運用がなされている事も求められます。
一方「代休」は、日曜日などの休日に働いてもらった場合に、代わりとしてそれ以降の特定日の労働を免除する制度です。
この「代休」は、業務命令で休日労働をさせた後になってから、代休となる日を特定することになるので、実際に実施させた休日労働に対する割増賃金（法定休日であれば35%、それ以外の休日であれば25%）の支払い義務が代休の付与によって帳消しになるわけではありません。
よって、「休日の振替」であれば割増手当の必要もありませんが、「代休」の場合は休日割増手当（つまり上乗せの部分のみ）の支給が必要になります。
しかし、もし指定された日を休む事ができなければ「休日の振替」「代休」の仕組みは活かされず、最終的には休日出勤の事実だけが残り、休日割増手当の支給による金銭処理の必要も出てきます。
この仕組みを実施したい場合は、まず自社の就業規則に「休日の振替」などの定めをきちんと行うことが必要になります。